非課税期間5年間が終了すると、ジュニアNISA口座で購入した投資信託は、課税ジュニアNISA口座に移管され、その後の分配金や値上がり益については課税されます。
ただし、ジュニアNISA口座で保有されていた期間に値上がりしていた場合には、その分の値上がり益は課税されません。上記の課税ジュニアNISA口座への移管のほか、引き続き、ジュニアNISA口座で翌年の非課税投資枠を利用し、非課税期間を延長(ロールオーバー)することもできます。なお、ロールオーバー可能な金額に上限はなく、時価が80万円を超過している場合も、そのすべてを継続管理勘定に移すことができます。
また、非課税期間5年間の終了と同時に払出制限が解除される場合や、非課税期間5年間が終了した時点で既に払出制限が解除されている場合には、ジュニアNISA口座や課税ジュニアNISA口座以外の他の特定口座や一般口座に移管することができます。